Tuesday, February 8, 2011

Bioinformatics (01416554): Haploview assignment

จากตัวอย่างไฟล์ dumped_region (download from http://cid-a16e4eb55026c7c3.office.live.com/browse.aspx/public?uc=1) ที่ให้ไว้ที่ไฟล์แนบ เป็นไฟล์ในรูปแบบ Hapmap format

ที่สามารถนำไปเปิดดูด้วยโปรแกรม Haploview ได้โดยไม่ต้องทำการแก้ไขไฟล์ใดๆทั้งสิ้น

จงทำการนำเข้าข้อมูลนี้ใช้งานกับโปรแกรม Haploview และตอบคำถามต่อไปนี้

1. จงแสดงค่าสถิติต่างที่ได้จากการนำเข้าข้อมูลที่เตรียมได้ (จากหน้าต่าง check

marker) พร้อมอธิบาย

2. แสดงภาพ linkage disequilibrium map พร้อมอธิบาย

3. แสดงภาพ Haplotype block พร้อมอธิบาย